Строившийся с 1180 по 1480 год, он с того времени сохраняется практически в неизмененном виде, сочетая элементы романского и готического стилей.
Богата и интересна история храма. На протяжении веков он являлся свидетелем важных религиозных и политических событий в жизни страны. Только некоторые из них: Тринадцатый Вселенский собор, продублированный как Лионский Собор, состоялся в кафедральном соборе Сен-Жан в июне-июле 1245 году. Тогда главный алтарь был освящен Папой Иннокентием IV.
Четырнадцатый Вселенский Собор (Второй Лионский Собор) проходил в мае-июне 1274 года, когда Папой Григорием X была предпринята попытка объединить латинскую и греческую церкви. В 1913 году в соборе короновали Папу Иоанна XXII.
13 декабря 1600 года в собор освятили брак Генриха IV и Марии Медичи, после того как Папа Климент VIII расторг предыдущий бездетный брак Генриха с Маргаритой де Валуа, известной как Королева Марго. Ришелье в соборе Сен-Жан удостоился кардинальской шляпы.
Собор Иоанна Крестителя очень красив. Его отличительной особенностью являются изумительные витражи, благодаря ним внутреннее помещение храма освещается изумительным светом, создающим одухотворенную атмосферу. Исключительная примечательность собора – интереснейшая конструкция «Астрономические Часы». Первоначально созданные в четырнадцатом веке, впоследствии они несколько раз перестраивались. Они показывают дату и время (часы и минуты), положения Луны, Солнца, Земли и восходящих над Лионом звезд.
Автоматические куклы, в виде ангелов, святых, животных, четыре раза в день, как только раздается звон часов, воспроизводят сцену Благовещения.
Одна из кукол исполняет гимн на колокольчиках. После этого появляется дева Мария, к ней подлетает ласточка, а из раскрывающихся створок на часах к Марии приближается Гавриил. Над ними сидит Бог, благословляющий три раза. Все это действо сопровождает звуки колокольного звона. Часы считаются самыми старейшими действующими астрономическими часами во Франции.
Экстерьер собора Иоанна Крестителя украшают четыре башни, возглавляемые серебристыми крестами. Недалеко от собора находится археологический сад, где можно увидеть развалины церквей 11 века.